Se estima que en la región habitan por lo menos 255 especies de aves, 104 de mamíferos, 68 de reptiles, 52 de peces y 27 de anfibios. Hay tanto residentes como migratorias, de hábitos acuáticos y terrestres, destacando dentro de estas la cigüeña jabirú, la cigüeña americana, el pato real, el halcón peregrino y el águila pescadora.
Dentro de los mamíferos, destacan el mapache, manatí, el tepezcuintle, el venado cola blanca, el jaguar, el ocelote y el mono aullador entre otros. Estos son cazados generalmente en la época de creciente del río, debido a que se resguardan de las inundaciones en zonas altas.
Los peces se presentan en diferentes tipos de hábitats, los que toleran diversos grados de salinidad, los dulceacuícolas, los eurhialinos y estenohialinos. Los hay que permanecen todo el año o durante cierta temporada y aquellos que son visitantes casuales. Por su importancia comercial destacan el robalo, las mojarras y el pejelagarto.

Entre los crustáceos se encuentran la acamaya y la pigua, que se localizan en sistemas dulceacuícolas, la jaiba y el cangrejo violinista en condiciones estuarinas, dulceacuícolas o marina y el camarón blanco en sistemas estuarinos y marinos, cubriendo parte de su ciclo vital en lagunas costeras. El alto valor comercial que poseen el camarón blanco y la acamaya los convierte en objetos de intensa captura para su venta, esto constituye uno de los principales recursos para obtener ingresos económicos en la región.

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