Deforestación
Los diferentes tipos de asociaciones vegetales de la Reserva se encuentran seriamente amenazados por las actividades antropogénicas. Entre ellas se encuentran: 1) la quema de la vegetación hidrófita durante la temporada de secas con el fin de ganar tierras para el cultivo de pastos;
2) la tala de la selva mediana para el aprovechamiento de especies para la construcción de casa habitación y cayucos; y
3) el aclareo de áreas destinadas a la agricultura. El árbol de tintal es una especie que desde el siglo dieciocho ha sido explotado comercialmente por sus características útiles en la industria, ahora su madera se usa para la construcción de viviendas.
El manglar es uno de los tipos de vegetación más importantes por la riqueza de especies que alberga y sitios que brindan refugio a otras formas de vida, pero aquí también ya existe un daño por prácticas como la sustitución del manglar por pastizales, la construcción de carreteras, el uso de su madera para la construcción y en la producción de carbón.
Incendios
En la temporada de secas los incendios son causados por los habitantes locales quienes buscan ganarle tierras a los humedales para el cultivo de pastizales y la ganadería extensiva, principalmente. Otros usos de los incendios es para extender las tierras de cultivo de temporal en áreas ocupadas originalmente por vegetación acuática, para el aprovechamiento forestal y con fines de extracción de fauna y cacería furtiva.
Contaminación
Como se menciona en el programa de manejo, la infraestructura de PEMEX y los pozos tienen ya más de 40 años y requieren de mantenimiento constante, en estas obras no se pueden descartar contingencias como derrames de petróleo que dañarían a la salud pública y a los ecosistemas. Otra actividad contaminante poco documentada es la causada por la pesca, debido al alto número de embarcaciones que se mueven entre los cuerpos de agua de los pantanos. La basura que generan las comunidades se encuentra dispersa en varios sitios al aire libre y en algunos es quemada.
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